Школа основана в 1983 году.
В 1988 году школа была разделена на начальную школу (30 школа) и среднюю (27 школа).
В 1995 году начальная школа № 30 стала неполной средней, а с 2001 года – МОУ «Средняя общеобразовательная школа № 30 г. Энгельса». В 2007 году 30 школа получает новый статус - "Средняя общеобразовательная школа № 30 с углубленным изучением отдельных предметов".
В 2009 году 27 школа воссоединилась с 30 школой и стала "Средней общеобразовательной школой № 30 с углубленным изучением отдельных предметов".
В 2020 году школе присвоено звание Героя Советского Союза Коваленко Петра Михайловича
В ноябре 2022 года было заключено инвестиционное соглашение между администрацией Энгельсского муниципального района, МОУ «СОШ №30 им. П.М. Коваленко» и ООО СЗ «Строймир» о строительстве блока начальной школы на 600 мест
В 2024 году школу включена в программу «Модернизация школьных систем образования» в рамках государственной программы Российской Федерации «Развитие образования»